
A fase que se inaugura a partir da Saga da Ilha Muir é marcante em diversos aspectos. Primeiramente, pela formação de um grande grupo de X-Men, incluindo os originais, que culminará com a divisão em Equipe Azul e Dourada. Segundo, pelo final da passagem de mais de quinze anos de Chris Claremont nos roteiros mutantes, por conta das desavenças criativas com Jim Lee. Finalmente, pelo lançamento de um novo título, X-Men (sem adjetivo), que marca de vez a entrada dos mutantes na controversa década de 90 e que teve sua primeira edição como a mais vendida da história, chegando a quase 5 milhões de exemplares.
O novo título começa com a divisão dos X-Men em duas equipes: sob a liderança de Ciclope (Azul), ficam Wolverine, Gambit, Vampira, Psylocke, Fera e, futuramente, Jubileu; sob a liderança de Tempestade (Dourada), ficam Jean Grey, Arcanjo, Colossus e Homem de Gelo. Banshee e Forge deixarão a Equipe Dourada posteriormente.
A primeira ameaça da Equipe Azul é a volta de Magneto, que está em sua base, o Asteroide M, em órbita no espaço. Ele está sendo seguido por um grupo chamado de Acólitos, sob a liderança de Fabian Cortez, que pedem Magneto tenha um papel mais assertivo na questão mutante. Magneto rouba um submarino nuclear russo. Os X-Men o confrontam, mas não impedem que ele consiga acesso a armas nucleares. Vampira vai atrás dele. Magneto está ferido e Cortez se oferece para curá-lo. Os X-Men encontram Vampira ferida em Genosha, onde também estão alguns Acólitos. Após uma batalha entre as duas equipes, Magneto chega e declara que o Asteroide M é um paraíso de liberdade para mutantes do mundo todo. Enquanto isso, na Mansão, Banshee encontra Moira chorando. Ela diz que tudo o que está acontecendo é culpa dela. Será revelado posteriormente que ela manipulou o genoma de Magneto quando ele foi reduzido a um bebê (em uma aventura dos Defensores, nos anos em que os X-Men estavam apenas saindo em republicações – Fase 2) e esteve aos cuidados da geneticista. Moira fez essas alterações na esperança de que elas conseguissem frear o ímpeto instável e violento de Magnus.
Em Genosha, Magneto pede que a Equipe Azul liberte os Acólitos, para que eles possam ser punidos por ele. Na verdade, é só uma manobra para capturar os X-Men. Moira e Xavier também são capturados. Descobrindo a verdade sobre o que Moira fez, Magneto se enfurece e ordena que ela manipule os X-Men para se unir aos Acólitos. Nick Fury, da SHIELD, avisa que os Estados Unidos e a Rússia atacarão o Asteroide M. A Equipe Dourada decide intervir para salvar seus amigos antes que o asteroide seja destruído. Eles enfrentam seus amigos e conseguem libertá-los da lavagem cerebral. Magneto se mostra bastante ferido, e Moira percebe que, em vez de curá-lo, Cortez o enfraqueceu. A intenção de Cortez era transformar Magneto em um mártir para a causa dos Acólitos. Ele foge para não ser punido. Estados Unidos e Rússia atacam o Asteroide M. Os X-Men conseguem sair, mas Magneto prefere ficar, juntamente com os Acólitos remanescentes.
Essas três primeiras edições de X-Men são as últimas de Claremont no título. A partir desse primeiro arco, as histórias da Equipe Dourada, por Jim Lee e Whilce Portacio, ficarão em Uncanny X-Men, enquanto as da Equipe Azul, por Jim Lee e Fabian Nicieza, ficarão na nova revista. John Byrne contribui com roteiros em ambas as revistas por um tempo. Scott Lobdell, John Romita Jr., Andy Kubert e Tom Raney colaboraram em Uncanny, enquanto Art Thibert, Dan Panosian, Trevor Scott e Scott Lobdell trabalharam em X-Men.
Durante esse período, Banshee decidiu deixar os X-Men para cuidar de Moira, que estava bastante perturbada desde o incidente com Magneto, e a Equipe Dourada enfrenta uma nova ameaça, os Upstarts (formados por Selene, o grupo incluía Shinobi Shaw, filho de Sebastian Shaw; um novo mutante, chamado Gamesmaster; e Trevor Fitzroy, um novo inimigo que depois será revelado como vindo do futuro do personagem Bishop, que estrearia meses depois), em uma missão no Clube do Inferno. Na aventura, Fitzroy, junto com seus Sentinelas, mata alguns Carniceiros e, em seguida, deseja acabar com a Rainha Branca, mas acaba por eliminar os Satânicos, alunos de Emma Frost. Durante essa batalha, Jean Grey aparentemente morreu novamente, mas Xavier descobriu que ela transferiu sua mente para o corpo de Emma Frost. Usando seu poder, Fitzroy conseguiu abrir um portal para o futuro, a fim de atrair seus companheiros para o presente, mas ele acaba sendo detido por um grupo liderado por Bishop, que usava roupas semelhantes às dos X-Men. Fitzroy consegue fugir. Bishop e seus companheiros não acreditam que os X-Men são quem eles são e vão embora, para caçar todos os criminosos que vieram do futuro. Xavier e Forge conseguem restaurar Jean em seu antigo corpo.
Logo em seguida, a Equipe Dourada enfrenta uma ameaça alienígena no Japão, para ajudar Solaris. Eles são teleportados para outro mundo, onde Mikhail Rasputin, irmão de Colossus, que se supunha morto, estava e vivia como um messias. Os X-Men explicam que aquela fenda dimensional estava colocando a Terra em perigo e, com a ajuda do grupo, Mikhail consegue fechá-la, teleportando-se com os mutantes de volta ao seu planeta.
Na Terra, os X-Men encontram Bishop, logo depois que seus dois companheiros são mortos. Em sonho, Bishop presencia um momento, em seu futuro, em que ele encontrou uma gravação com uma mensagem de Jean Grey, dizendo que os X-Men seriam mortos por um de seus próprios membros. No sonho, também é revelado como Bishop acaba vindo ao presente. Quando acorda, Bishop está convencido de que esses são os reais X-Men e, a pedido de Xavier, entra na equipe. Logo em seu primeiro dia como X-Men, ele acaba matando um criminoso, o que é repreendido por Tempestade. No final, ele a aceita como líder.
Há pequenos plots sobre a vida de cada integrante nesse período. Jean fica cismada com um possível affair entre Ciclope e Psylocke. Warren está com problemas em aceitar uma vida permanente como Arcanjo. Bobby tem problemas em a família aceitar seu namoro com Opal. A família Drake é atacada por um grupo chamado de Cyburai, que quer vingar a honra de Opal, mas Bobby e a namorada são salvos por um primo dela. Em uma briga por causa de Mística, que estava psicologicamente abalada com a morte de Sina e vivia na mansão como convidada desde que ela se envolvera uma aventura com Wolverine, Forge pede que Tempestade deixe a equipe para ficar com ele e a pede em casamento. Com o silêncio de Tempestade – que iria aceitar o pedido - Forge retira o pedido e decide deixar o grupo para ajudar Mística.
Os Morlocks surgem novamente, tentando matar Callisto, por ela ter deixado seu povo e ido até a Ilha Muir, após o Massacre dos Mutantes. Tempestade tenta, como líder do grupo, acalmá-los, mas não consegue. Eles vão para a superfície, onde são confrontados pelos X-Men, que conseguem derrotar Masque, que estava comandando o grupo. Mikhail se junta a Callisto contra os X-Men. Em um ato de loucura, Mikhail decide teleportar os X-Men para longe dos túneis e inundar o local onde ele e os Morlocks viveriam. Mais tarde, será revelado que ele, na verdade, teleportou os Morlocks remanescentes para uma outra dimensão.
Em paralelo, estão se desenvolvendo as histórias da Equipe Azul, em X-Men. As primeiras edições trouxeram a volta do Tentáculo, por Matsu`o Tsurayaba, e a primeira aparição de Ômega Vermelho (um mutante russo que tinha Wolverine como um de seus inimigos do passado). O Tentáculo e Ômega Vermelho atacam os X-Men, quando Vampira e Gambit estão em seu primeiro encontro. Wolverine e Ômega Vermelho são feitos reféns, em Berlim, por Andrea e Andreas von Strucker, conhecidos como Fenris, que fazem parte também dos Upstarts e estão tentando matar mutantes poderosos para ganhar pontos no grupo. Enquanto está preso, Wolverine é examinado, e suas memórias revelam que ele já estivera ali, junto com seus antigos companheiros Maverick e Dentes de Sabre, em uma missão para pegar o Sintetizador de Carbonadium, um artefato que consegue estabilizar o poder do Ômega Vermelho. Matsu’o tem Psylocke sob seu controle, mas Wolverine consegue libertá-la. Os X-Men derrotam Matsu`o, Ômega Vermelho e Fenris, e escapam. Logan consegue recuperar o sintetizador e o entrega para Maverick.
No arco seguinte, Bishop reconhece Gambit como Testemunha, o único X-Men remanescente em seu futuro. É o início da rivalidade entre os dois até anos depois, na saga Massacre. Bella Donna, a esposa de Gambit, aparece na Mansão X pedindo a ajuda dos X-Men em uma missão em New Orleans. A Equipe Azul parte para ajudá-la, em um crossover com o Motoqueiro Fantasma. A Liga dos Assassinos, a que pertence Bella Donna, está tomada por embriões da Ninhada, e o Motoqueiro Fantasma também acaba sendo vítima dessa infecção. Psylocke consegue separar a essência de Dan Ketch do corpo infectado, mas aparentemente Bella Donna, que ajudava Psylocke com uma projeção astral, morre no processo. Os X-Men e o Motoqueiro Fantasma conseguem derrotar a Rainha da Ninhada, com ajuda de John Blaze, antigo Motoqueiro.
Cristal, que havia deixado o grupo desde que entrou no Portal do Destino, está vivendo em Malibu com Lila Cheney, sem se lembrar de seu passado. De repente, Longshot aparece, fugindo de Espiral. Lila se teleporta com Cristal e Longshot para salvá-los, mas eles acabam parando no Mojoverso. Lá, Cristal e Longshot começam um relacionamento e lideram a revolta de escravos. Contudo, Lila e Longshot são capturados por Mojo, e Cristal percebe que precisará de ajuda na batalha. O próximo arco da Equipe Azul envolve Cristal e Longshot, nas edições X-Men #10 e 11. Os anuais de 1992 de X-Men, Uncanny X-Men, X-Force e X-Factor, por Fabian Nicieza, Jim Lee e vários desenhistas, também trazem uma ligação com o Mojoverso. Uma segunda história do anual de X-Men trazia Jubileu citando os dez maiores vilões dos X-Men. A segunda história do anual de Uncanny é com Arcanjo. A terceira do anual de Uncanny é sobre Bishop e seu sentimento de não pertencer àquele local.
Mojo está querendo capturar Arize, criadora da raça bípede e líder da revolta de escravos no Mojoverso. Arize consegue escapar para a Terra, e a Equipe Azul o encontra, usando Cérebro, e derrota os soldados que Mojo enviou atrás dele. Quando os soldados estão para voltar por um portal, eles comentam alguma coisa sobre Longshot, mas os X-Men não conseguem compreender. Arize se torna hóspede do grupo. Mojo II, rival de seu homônimo, envia um segundo grupo para capturar o fugitivo, mas a Equipe Dourada evita; então ele pede que Espiral o mate. Para enviar que isso aconteça, Val Cooper pede que o X-Factor a derrote, não antes de Espiral revelar como foi transformada de Rita Ricochete no que ela é hoje e contar sobre o papel que Arize terá no futuro. Ela também revela que o líder do Mojoverso será alguém chamado Shatterstar e, junto com Arize, voltará ao Mojoverso para derrotar o ciclo de opressão do vilão.
O anual da X-Force trata de um futuro hipotético, em que o grupo teria conseguido colocar Shatterstar no poder. Anos depois, Arize retorna ao Instituto Xavier, em busca de ajuda, encontrando uma equipe desfigurada, liderada por Míssil. Ele quer ajuda para depor o corrupto Shatterstar que está no poder em seu mundo. A X-Force o ajuda e consegue fazer com que aquele Shatterstar liberte os escravos e deixe seu mundo em paz.
No arco de X-Men, Cristal volta à Terra para pedir ajuda aos X-Men, mas Mojo consegue capturar o grupo, deixando Cristal abandonada no Mojoverso. Mojo transforma os X-Men em atores de seu show da TV. Mojo II se alia a Cristal para derrubar seu homônimo. Xavier consegue romper a barreira mental de Psylocke e a liberta do domínio de Mojo. Um a um, os X-Men vão recuperando o controle de suas mentes. Longshot aparantemente mata Mojo. Xavier diz a Longshot e Cristal que eles serão pais, pois sente a presença de um bebê em Cristal. Longshot sugere que o nome dele seja Shatterstar. Os X-Men voltam à Terra com Lila Cheney, e o casal fica no Mojoverso, agora governado por Mojo II.
O último arco da Equipe Azul nessa fase traz uma ligação com o passado de Xavier. Trata-se do trabalho de seu pai, Brian Xavier, em Almagordo, onde trabalhou com Kurt Marko e Alexander Ryking. O filho de Ryking, Carten, era um mutante poderoso, que precisou ficar recluso em uma clínica, mas que, no presente, perde o controle de seus poderes ao descobrir que seu pai morreu, em um incidente envolvendo Maverick. No funeral, Xavier é surpreendido por um ataque de Carter, que o sequestra. Val Cooper avisa os X-Men sobre o seqüestro, e eles partem para o resgate. O grupo enfrenta Carter, e os poderes dele explodem. Indefeso, ele é capturado e levado de volta à clínica onde ficava. Enquanto isso, na mansão, Jubileu recebe um chamado de Míssil a respeito de algo muito sério. Conflyto e a Frente de Libertação Mutante conseguem um artefato que pode destruir o passado de Apocalipse. É o prenúncio da próxima fase, que traz A Canção do Carrasco.
No Brasil:
A Abril publicou:
- as edições X-Men #1-3, na mini X-Men #1-3;

